企业官网建设流程全解析

如何建一个手机网站,网站成立时间,wordpress 说明文档,网络域名有学员评价 Galaxy 平台出的火山图有点丑#xff1a;这图确实难言美观。平台其实有好几个火山图工具• 有基于 EnhancedVolcano 包的• 有基于 ggplot2 的上图就是 EnhancedVolcano 包的效果。不过画成这样#xff0c;也有别的关系#xff1a;• 比如基因太多。应该把没表达…有学员评价 Galaxy 平台出的火山图有点丑这图确实难言美观。平台其实有好几个火山图工具• 有基于 EnhancedVolcano 包的• 有基于 ggplot2 的上图就是 EnhancedVolcano 包的效果。不过画成这样也有别的关系• 比如基因太多。应该把没表达或者低表达的基因先过滤一下• 此外 p 值设定以及坐标轴的范围控制也有问题。总之这效果离发表级确实有点远。既然现有工具的绘制效果差强人意而火山图本质是一个散点图为了使用方便我们干脆再封装一个更适合用于发表的•Volcano Plotwith Publication-Quality (Galaxy Version 1.0)效果如下测试数据我们先来生成一份测试数据下面代码来源于 EnhancedVolcano 包的文档library(airway) library(magrittr) library(EnhancedVolcano) data(airway) airway$dex %% relevel(untrt) colData(airway) # 转换基因符号 ens - rownames(airway) library(org.Hs.eg.db) symbols - mapIds(org.Hs.eg.db, keys ens, column c(SYMBOL), keytype ENSEMBL) symbols - symbols[!is.na(symbols)] symbols - symbols[match(rownames(airway), names(symbols))] rownames(airway) - symbols keep - !is.na(rownames(airway)) airway - airway[keep,] assays(airway)[[1]] # DESeq2差异分析 library(DESeq2) dds - DESeqDataSet(airway, design ~ cell dex) dds - DESeq(dds, betaPriorFALSE) res - results(dds, contrast c(dex,trt,untrt)) res - lfcShrink(dds, contrast c(dex,trt,untrt), resres, type normal) res EnhancedVolcano(res, lab rownames(res), x log2FoldChange, y pvalue, title N061011 versus N61311, pCutoff 10e-32, FCcutoff 0.5, pointSize 3.0, labSize 6.0) res$GeneID rownames(res) out res[, c(GeneID, log2FoldChange, pvalue)] write.table(out, airway_deg.tsv, sep\t, row.names F, quoteF)EnhancedVolcano 绘制效果我们后续作图跟该图进行比较完成差异分析后我们将这 3 列GeneID, log2FoldChange, pvalue保存到一个文件 airway_deg.tsv 中然后上传到平台。开始作图工具Volcano Plotwith Publication-Quality (Galaxy Version 1.0)参数设置•差异表达分析结果表airway_deg.tsv•阈值与坐标•显著性阈值 (padj / FDR / qvalue):10e-32•差异倍数阈值 (log2FoldChange threshold):0.5•Y 轴显示范围150.0• 高级设置•Y 轴标签-log10 p-value结果如下这个图就清爽多了。标记基因很多时候我们希望标记一些感兴趣的基因可以将这些基因通过一个文件传给工具。我们先用 filter 工具筛选一下显著差异基因参数设置如下• 注这个阈值设定供用于测试实际一般不这样设置。可以看到有 123 个显著差异基因都画在图上有点多我们取 top 20 吧这里用于 **Select first **工具结果我们接着再 Cut 一下将基因一列切出来重命名一下结果现在重新作图除了修改参数其他参数跟前面设置完全一样。标记感兴趣的基因后的效果还可以吧。写在最后此文并非说 EnhancedVolcano 或者 ggplot2 包的效果不行。它们都非常优秀并且广受好评。只不过对于作图每个人的审美偏好不同。作为平台只有丰富工具的品种以满足丰富多样的个性化需求。推荐阅读中国银河生信云平台UseGalaxy.cn致力于零代码生信分析。平台拥有海量计算资源、3000 多个生信工具和数十条生信流程并且为用户提供 200G 免费存储空间。进群交流请先加 usegalaxy 为好友。我们还为进阶用户提供高质量培训课程RNA-seq数据分析实战 | 2026年第1期开启你的生信学习之旅